El internado funciona desde 1994 y tiene 190 plazas para niños y niñas. Se puso en marcha tras constatar que las grandes distancias existentes entre la escuela y las casas de gran parte del alumnado hacían que muchos menores dejasen de estudiar o que no pudiesen aprovechar la escuela tanto como es deseable. Además los padres de familia suelen ser reticentes a que sus hijas recorran grandes distancias solas por lo que el internado permite mejorar las tasas de matriculación femenina en la escuela.
Además de asegurar la asistencia a la escuela de menores con dificultades económicas o que viven lejos de la escuela el internado garantiza una buena alimentación y atención sanitaria. El refuerzo escolar y las distintas actividades complementarias que se organizan desde el internado están abiertas también a otros menores de la escuela.
Cada vez llegan al internado de Anzaldo más niños y niñas pequeños, a partir de 6 años, como consecuencia del cierre progresivo de muchas de las pequeñas escuelas rurales de las comunidades.